Retour sur «COVID-19 : des réponses à vos questions»

Variants : Quelques informations

*Omicron : Nouveau variant préoccupant*

Des variants plus contagieux du SRAS-CoV-2 ont été identifiés au cours des derniers mois. En date du 14 avril, le nombre de pays et territoires où se trouvait le variant repéré initialement en Grande-Bretagne (Alpha) s’élevait à 132, à 82 pour le variant identifié en Afrique du Sud (Béta) et à 52 pour celui identifié au Brésil (Gamma). En date du 21 septembre, le variant préoccupant Delta, présent dans 185 pays, a largement pris la place des trois autres variants préoccupants, Alpha, Bêta et Gamma, qui représentent désormais moins de 1 % des cas séquencés.

En date du 21 septembre 2021, l’OMS considère que quatre variants sont « préoccupants » : Alpha, Béta, Gamma et Delta. L’organisation considérait par ailleurs jusqu’à présent que cinq autres variants (Êta, Iota, Kappa, Lambda et Mu) étaient « à suivre ». Mais trois d’entre eux – Êta (B.1.525), Iota (B. 1.526), Kappa (B.1.167.1) – viennent d’être déclassés.

Consulter la page de l’INSPQ Les variants du SRAS‑CoV‑2 pour en savoir plus sur les variants préoccupants et d’intérêt au Québec.
Virus & variants
« Plus le Covid-19 se répand, plus il y a de chance qu’il évolue encore. A noter que la transmissibilité de certains variants du virus semble augmenter », a ainsi déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, le directeur général de l’OMS.
L’apparition de variants n’est pas un nouveau phénomène, rappellent les spécialistes interrogés.
« On doit s’attendre à l’apparition rapide de nouveaux variants avec le temps, et dans notre monde globalisé, personne ne sera capable d’y échapper. Le variant D614G, par exemple, plus transmissible, était le variant dominant en Europe, et l’Afrique du Sud l’a attrapé », explique Salim Abdool Karim.
Pour combattre ces variants, les règles restent les mêmes, selon les professeurs Abdool Karim et Pawlotsky : application des gestes barrière, dépistage, traçage et isolation des cas.
« La différence, c’est qu’il faut préparer ses services de santé et mieux guider les vaccinations, suggère le professeur sud-africain. Les cas de ces variants vont arriver rapidement, et furieusement. »
Pour en savoir plus, lire l’intégralité de l’article  Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus.
Variants préoccupants (VOC)
VOC : variants of concern

L’INSPQ définit ces variants comme des variants d’intérêt ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré(s), qui sont sous surveillance rehaussée.
B 1.1.7 (501Y.V1) – « britannique » – Alpha
Dans sa forme originale, le virus SARS-CoV-2 possède des spicules, les pointes de la couronne qu’on peut souvent voir sur les illustrations. Ces spicules agissent comme des pinces: le virus s’en sert pour s’accrocher aux cellules humaines. Un peu comme les pièces d’un casse-tête, toutefois, il faut un récepteur complémentaire pour que le virus reste collé. «Pour s’accrocher, la protéine spicule doit être en position ouverte, explique Rafaël Najmanovich. Avec le nouveau variant, ce qu’on a découvert, c’est que les spicules restent plus longtemps en étape ouverte.» (Lire l’article Des chercheurs montréalais croient savoir pourquoi le variant anglais est plus contagieux).

Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche, car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « variant ».

Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre 2020 à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre.

Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre 2020 dans le Kent et le 21 septembre 2020 dans le Grand Londres. Ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre 2020. À la mi-décembre 2020, cette souche était responsable de 80% des nouvelles infections dans les régions de Londres, du sud-est et de l’est de l’Angleterre.
Dangerosité
Selon le British Medical Journal, les premières analyses montrent que le nouveau variant « pourrait être associé » à la récente augmentation des cas dans le sud-est de l’Angleterre, mais les scientifiques ne vont pas jusqu’à établir une cause hors de tout doute, même s’ils observent « une croissance frappante » de ce variant à travers la population infectée (lire l’article Doit-on craindre le nouveau variant du coronavirus?).

Comme le rappelait un article paru début janvier 2021 dans la revue médicale The Lancet, le variant détecté au Royaume-Uni peut être jusqu’à environ 70 % plus contagieux, selon plusieurs études préliminaires (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

En avril 2021, des études françaises publiées dans des revues du Lancet ont obtenu des résultats plus rassurant auprès d’un groupe de patients hospitalisés, résultats à confirmer par d’autres études (lire l’article COVID-19 Le variant britannique n’entraînerait pas plus de formes graves).

«Selon les estimations, il serait de 40 à 80% plus transmissible et de 10 à 70% plus virulent – en termes de risque d’hospitalisation ou de décès – comparativement aux variants communs. Par contre, les vaccins et les traitements par anticorps seraient tout aussi efficaces contre ce variant que contre la souche initiale», précise l’INSPQ.
B 1.351 (501Y.V2) – « sud-africain » – Béta
Un autre variant du coronavirus, le variant 501.V2, a été détecté en Afrique du Sud. Le ministre de la santé, Zweli Mkhize, a annoncé vendredi 18 décembre 2020 que les chercheurs, après avoir séquencé des centaines d’échantillons depuis le début de l’épidémie, ont « remarqué qu’un variant particulier dominait les résultats ces deux derniers mois ». Ce variant est différent du britannique. Mais selon le laboratoire sud-africain Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (Krisp), il existe des similitudes, « car ils partagent tous les deux le même changement dans la protéine de spicule », la fameuse mutation N501Y.

Ce variant est lui aussi plus contagieux. « Il se propage plus rapidement », explique l’épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim. « Dans les deux provinces où il prédomine, il a fallu 40 à 50 % moins de temps pour arriver à 100 000 cas », développe le professeur, membre du comité de conseil du gouvernement sud-africain sur l’épidémie. à l’instar du variant britannique, rien ne prouve que le variant sud-africain cause des formes plus graves du Covid-19 (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

«Ce variant serait 50% plus transmissible que les variants communs et aurait causé une augmentation des décès en Afrique du Sud. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant sont toutefois limitées», précise l’INSPQ.
P1 – « brésilien » – Gamma
Une troisième mutation, originaire de l’Amazonie brésilienne, et dont le Japon a annoncé la découverte le 10 janvier 2021, est actuellement analysée et pourrait impacter la réponse immunitaire, selon l’OMS, qui évoque dans son bulletin hebdomadaire « un variant inquiétant » (lire l’article COVID-19 : les variants se répandent, le virus menace toujours plus). Le Japon ne sait pas encore si ce variant est plus contagieux ou plus dangereux que les autres qui circulent dans le monde. Ce variant va être isolé, pour être analysé « davantage », a expliqué un responsable au sein du ministère nippon de la Santé (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

Selon l’INSPQ en avril 2021, «Au Brésil (ville de Manaus), le variant P.1 serait de 80 à 150% plus transmissible et de 10 à 80% plus virulent (risque de décès) que les variants communs.»
B.1.617.2 – « indien » – Delta
Ce variant a été détecté dans l’ouest de l’Inde en octobre 2020. Il est qualifié de « double mutant » parce qu’il est notamment porteur de deux mutations préoccupantes au niveau de la protéine de pointe (« spike ») du virus Sars-CoV-2.

La première, E484Q, est proche de celle déjà observée sur les variants Sud-Africains et Brésilienne (E484K), soupçonnée d’entraîner une moindre efficacité de la vaccination et un risque accru de réinfection. La seconde, L452R, est également présente dans un variant repéré en Californie, et pourrait être capable d’entraîner une augmentation de la transmission.

Source : Variant indien: des inquiétudes et beaucoup d’inconnues

Le 18 août 2021, l’INSPQ indiquait que « Comparativement au variant alpha (B.1.1.7), le variant delta est plus transmissible et serait associé à un risque plus élevé d’hospitalisation, d’admission aux soins intensifs et de décès chez des individus majoritairement non vaccinés. De plus, les cas d’infections liées au variant delta sont associés à une plus courte période d’incubation, à des charges virales plus élevées et à une durée d’excrétion virale prolongée dans les voies respiratoires. Des données préliminaires suggèrent que les personnes vaccinées infectées par le variant delta sont contagieuses, mais pour une période plus courte par rapport aux personnes non vaccinées. L’efficacité des vaccins approuvés au Canada pour prévenir les infections symptomatiques liées au variant delta demeure élevée, mais semble diminuée par rapport au variant alpha, et ce particulièrement chez les personnes partiellement vaccinées (1 dose). Une haute efficacité vaccinale contre les hospitalisations liées au variant delta est toutefois maintenue. »

Le 15 septembre 2021, en conférence de presse, la Dre Mylène Drouin indiquait qu’alors que ce variant représente plus de 80% des cas, les personnes non vaccinées étaient 4 fois plus à risque de contamination et 30 fois plus à risque d’hospitalisations que les personnes adéquatement vaccinées.

Pour en savoir plus, lire le document de l’INSPQ : Revue de la littérature scientifique sur le variant delta : transmission, virulence et efficacité vaccinale.
B.1.1.529 – Omicron
Potentiellement très contagieux et aux mutations multiples, un nouveau variant de la COVID-19 a été détecté en Afrique du Sud, qui voit les signes d’une nouvelle vague de pandémie, ont annoncé des scientifiques le 25 novembre 2021. Le 26 novembre, l’OMS le classait comme préoccupant et créait un groupe d’experts pour analyser la situation. Des équipes sont déjà en train de tester l’efficacité des vaccins actuels contre le nouveau variant (pour en savoir plus sur ces tests, lire l’article Les vaccins contre Omicron). Il faudra toutefois « plusieurs semaines » pour comprendre le niveau de transmissibilité et de virulence du nouveau variant, a souligné le porte-parole de l’OMS.

Le variant Omicron est jugé préoccupant parce qu’il présente une trentaine de mutations sur sa protéine S, ce qui est environ le double des mutations observées sur la protéine S du variant Delta (En image : Omicron vs Delta), et un risque accru de réinfection. Il a également un potentiel de propagation très rapide. Les métamorphoses du virus initial peuvent potentiellement le rendre plus transmissible, jusqu’à rendre le variant dominant. Les données actuelles – limitées – n’indiquent pas de risque de gravité supérieure de la maladie. « À ce jour, aucun décès associé au variant Omicron n’a été rapporté », souligne l’OMS dans un document technique publié le 29 novembre.

Deux zones clés de la protéine S sont touchées par ces mutations, certaines présentes chez d’autres variants permettent d’inférer ce potentiel de transmissibilité et de résistance à la vaccination, mais la combinaison de ces mutations n’a jamais été observée auparavant. La première est la liaison au récepteur S qui permet au virus de se lier aux cellules et d’y pénétrer. Les mutations dans cette zone font donc craindre une transmissibilité supérieure. La seconde est le super-site antigénique, cible des anticorps pour lutter contre le virus, ce qui laisse craindre une protection immunitaire – naturelle ou acquise – inférieure. Le patron de Moderna a expliqué que les chercheurs sont inquiets car 32 des 50 mutations trouvées dans le variant Omicron se trouvent dans la protéine spike, clef d’entrée du virus dans l’organisme. Selon lui, le vaccin actuel n’aura pas « le même niveau d’efficacité que celui que nous avions contre le variant Delta ». Toutefois, l’OMS rappelle que rien n’indique pour l’instant la nécessité de produire de nouveaux vaccins.

Bien que seulement quelques dizaines de cas aient été identifiés jusqu’à présent, l’annonce de la détection de ce nouveau variant préoccupe la communauté scientifique. Un cas a été signalé à Hong Kong sur une personne de retour d’un voyage en Afrique du Sud, un en Israël sur une personne revenue du Malawi et un autre en Belgique. En date du 29 novembre, trois cas ont été détectés au Canada, dont un au Québec, chez des personnes revenant de l’Afrique australe. Le 30 novembre, les autorités néerlandaises ont indiqué que le variant Omicron était présent aux Pays-Bas avant que l’Afrique du Sud ne signale son existence.

À ce stade-ci, les scientifiques sud-africains ne sont pas certains de l’efficacité des vaccins anti-COVID existants contre la nouvelle forme du virus. L’Agence européenne des médicaments a déclaré qu’elle avait besoin de plus de détails pour voir si cette souche pourrait échapper aux vaccins actuellement autorisés.

Les médicaments oraux conçus par Merck et Pfizer, actuellement en cours d’approbation par les agences nationales de santé publique, seront aussi efficaces contre le variant Omicron parce qu’ils ne ciblent pas la protéine S. Ils empêchent plutôt le virus de se répliquer.

La Commission européenne a proposé le 26 novembre aux États membres de suspendre les vols en provenance et à destination de l’Afrique australe et des autres pays touchés par l’apparition du nouveau variant. Dans le sillage du Royaume-Uni, la France, l’Italie, les Pays-Bas, la Russie et la Suisse ont interdit les vols en provenance d’Afrique du Sud et des pays voisins, de même que les États-Unis, même si l’OMS a déconseillé, à ce stade, de restreindre les voyages. Israël a fermé ses frontières aux voyageurs étrangers pour deux semaines.

Le gouvernement fédéral a également annoncé le 26 novembre la mise en place de cinq mesures, dont la fermeture des frontières à tous les voyageurs en provenance de la majeure partie des pays de l’Afrique australe, bien qu’aucun cas n’ait été détecté au pays à cette date. En date du 6 décembre, il ne semblait pas y avoir de transmission communautaire de ce variant au Québec, selon l’INSPQ. L’ASPC a confirmé la transmission communautaire du virus au Canada, notamment à Montréal, le 13 décembre.

D’après les expériences passées de COVID-19, le variant Omicron s’est probablement déjà répandu dans une certaine mesure dans le monde entier, estiment des experts.

Pfizer et Moderna ont annoncé le développement de vaccins adaptés contre le nouveau variant Omicron.

Lire aussi la Déclaration de l’administratrice en chef de la santé publique du Canada, le 26 novembre 2021.

Sources :

Un nouveau variant du coronavirus inquiète en Afrique du Sud
Le variant de la COVID-19 classé « préoccupant » par l’OMS et baptisé Omicron
Ce que nous savons du nouveau variant Omicron
Pourquoi le nouveau variant s’appelle Omicron?
Omicron, le nouveau variant du Covid-19, se répand, le monde isole l’Afrique australe
Variant Omicron : les interdictions de voyages visant l’Afrique du Sud « injustifiées »
The hunt for coronavirus variants: how the new one was found and what we know so far
Mise à jour sur la réponse fédérale à la COVID-19 – 26 novembre 2021

Variants d’intérêt ou « à suivre » (VOI ou VUI)
VOI : variant of interest ou VUI : variant under investigation

Selon l’INSPQ, il s’agit de variants pour lesquels les données concernant leur génome ainsi que des études in vitro laissent présager un impact potentiel au niveau clinique ou épidémiologique mais il n’existe pas (encore) de données probantes sur un impact épidémiologique ou clinique observé dans la population. Un Variant d’intérêt est donc un variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel(s), qui est sous surveillance.

En date du 21 septembre, deux variants sont à l’étude afin de savoir s’ils devraient être classés comme préoccupants, en raison de leur contagiosité ou de leur virulence.
C.37 – Lambda
Le variant Lambda, découvert pour la première fois au Pérou en août 2020, s’est propagé dans différents pays d’Amérique du Sud et d’Europe, notamment.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a classé mi-juin 2021 comme un variant d’intérêt, notant qu’il a entraîné des « taux élevés de transmission communautaire dans de multiples pays ».

Le C.37 renferme plusieurs mutations qui peuvent le rendre plus contagieux et résistant aux anticorps.

Source : Ce qu’on sait sur le variant Lambda
B.1.621 – Mu
Le variant B.1.621, mieux connu sous le nom de Mu, a d’abord été détecté en janvier 2021 en Colombie. Il a depuis poursuivi sa progression, allant jusqu’à représenter 39 % des nouvelles infections, ce qui en fait la souche prédominante dans ce pays d’Amérique latine. En septembre 2021, ce variant n’est toutefois présent que dans 39 pays.

Désigné comme « variant à suivre », « Le variant Mu a une constellation de mutations qui indiquent des propriétés potentielles d’évasion immunitaire », peut-on lire dans le bulletin épidémiologique du 30 août 2021 de l’OMS.

Des tests préliminaires indiquent en effet que ce variant pourrait être résistant aux vaccins ou aux anticorps développés par les patients qui ont déjà contracté une souche antérieure du virus. L’OMS prévient toutefois que ces observations « doivent être confirmées par d’autres études ».

Source : Deux nouveaux variants du coronavirus sous la loupe des chercheurs à travers le monde

Le 8 octobre, l’INSPQ a indiqué que ce variant était désormais considéré d’intérêt au Québec « en raison de la situation sanitaire internationale, de l’augmentation récente du nombre de cas de la lignée B.1.621 (mu) au Québec et de son classement comme variant d’intérêt par plusieurs organismes sanitaires dont l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) ». « Cette nouvelle classification en variant d’intérêt implique une surveillance au moyen du séquençage du génome entier (SGE) et d’analyses fonctionnelles, ainsi qu’un suivi attentif de la littérature scientifique. »
B.1.617.2 – AY.4.2
AY.4.2 est le nom d’un sous-variant provenant du sous-lignage du variant Delta ou B.1.617.2 (Pour rappel, la lignée B.1.617 regroupe les variants Delta ou B.1.617.2 et Kappa ou B.1.617.1 déclassé des VOI en septembre 2021).

Le variant A.Y.4.2 présente trois mutations supplémentaires, dont deux sur la protéine spike : les mutations Y145H et A222V.

Les autorités sanitaires britanniques ont indiqué le 22 octobre avoir placé sous surveillance ce sous-variant du Delta se propageant au Royaume-Uni, qui semble plus transmissible que le variant Delta, mais pas plus dangereux ni rendant les vaccins actuellement distribués moins efficaces, dans un contexte d’envolée des cas de la COVID-19.

La UK Health Security Agency l’a classé comme « variant en cours d’investigation » .
« Des preuves supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si c’est lié à un changement dans le comportement du virus ou aux conditions épidémiologiques »
C’est surtout son développement qui interpelle. A.Y.4.2., qui ne représentait que 6 % des cas recensés au Royaume-Uni début octobre, est passé à 10 % deux semaines plus tard. Et ce taux devrait continuer à croître. Dans son dernier rapport, l’agence de santé britannique a ainsi estimé qu’il était 50 % plus contagieux que le variant Delta originel, déjà largement plus transmissible que les autres variants.

Le 27 octobre, l’OMS a annoncé surveiller la contagiosité de la lignée AY.4.2, de plus en plus présent dans les contaminations à la COVID-19.

Sources :

COVID-19 : le sous-variant du Delta potentiellement plus contagieux
Covid-19. Le sous-variant de Delta progresse au Royaume-Uni : quatre questions sur A.Y.4.2
L’OMS surveille une nouvelle lignée du variant Delta