Retour sur «COVID-19 : des réponses à vos questions»

Variants : Quelques informations

Des variants plus contagieux du SRAS-CoV-2 ont été identifiés au cours des derniers mois. En date du 14 avril, le nombre de pays et territoires où se trouvait le variant repéré initialement en Grande-Bretagne (Alpha) s’élevait à 132, à 82 pour le variant identifié en Afrique du Sud (Béta) et à 52 pour celui identifié au Brésil (Gamma). En date du 21 septembre, le variant préoccupant Delta, présent dans 185 pays, a largement pris la place des trois autres variants préoccupants, Alpha, Bêta et Gamma, qui représentent désormais moins de 1 % des cas séquencés.

En date du 21 septembre 2021, l’OMS considère que quatre variants sont « préoccupants » : Alpha, Béta, Gamma et Delta. L’organisation considérait par ailleurs jusqu’à présent que cinq autres variants (Êta, Iota, Kappa, Lambda et Mu) étaient « à suivre ». Mais trois d’entre eux – Êta (B.1.525), Iota (B. 1.526), Kappa (B.1.167.1) – viennent d’être déclassés.

Virus & variants

« Plus le Covid-19 se répand, plus il y a de chance qu’il évolue encore. A noter que la transmissibilité de certains variants du virus semble augmenter », a ainsi déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, le directeur général de l’OMS.

L’apparition de variants n’est pas un nouveau phénomène, rappellent les spécialistes interrogés.

« On doit s’attendre à l’apparition rapide de nouveaux variants avec le temps, et dans notre monde globalisé, personne ne sera capable d’y échapper. Le variant D614G, par exemple, plus transmissible, était le variant dominant en Europe, et l’Afrique du Sud l’a attrapé », explique Salim Abdool Karim.

Pour combattre ces variants, les règles restent les mêmes, selon les professeurs Abdool Karim et Pawlotsky : application des gestes barrière, dépistage, traçage et isolation des cas.

« La différence, c’est qu’il faut préparer ses services de santé et mieux guider les vaccinations, suggère le professeur sud-africain. Les cas de ces variants vont arriver rapidement, et furieusement. »

Pour en savoir plus, lire l’intégralité de l’article  Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus.

Variants préoccupants (VOC)

VOC : variants of concern

L’INSPQ définit ces variants comme des variants d’intérêt ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré(s), qui sont sous surveillance rehaussée.

B 1.1.7 (501Y.V1) – « britannique » – Alpha

Dans sa forme originale, le virus SARS-CoV-2 possède des spicules, les pointes de la couronne qu’on peut souvent voir sur les illustrations. Ces spicules agissent comme des pinces: le virus s’en sert pour s’accrocher aux cellules humaines. Un peu comme les pièces d’un casse-tête, toutefois, il faut un récepteur complémentaire pour que le virus reste collé. «Pour s’accrocher, la protéine spicule doit être en position ouverte, explique Rafaël Najmanovich. Avec le nouveau variant, ce qu’on a découvert, c’est que les spicules restent plus longtemps en étape ouverte.» (Lire l’article Des chercheurs montréalais croient savoir pourquoi le variant anglais est plus contagieux).

Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche, car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « variant ».

Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre 2020 à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre.

Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre 2020 dans le Kent et le 21 septembre 2020 dans le Grand Londres. Ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre 2020. À la mi-décembre 2020, cette souche était responsable de 80% des nouvelles infections dans les régions de Londres, du sud-est et de l’est de l’Angleterre.

Dangerosité

Selon le British Medical Journal, les premières analyses montrent que le nouveau variant « pourrait être associé » à la récente augmentation des cas dans le sud-est de l’Angleterre, mais les scientifiques ne vont pas jusqu’à établir une cause hors de tout doute, même s’ils observent « une croissance frappante » de ce variant à travers la population infectée (lire l’article Doit-on craindre le nouveau variant du coronavirus?).

Comme le rappelait un article paru début janvier 2021 dans la revue médicale The Lancet, le variant détecté au Royaume-Uni peut être jusqu’à environ 70 % plus contagieux, selon plusieurs études préliminaires (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

En avril 2021, des études françaises publiées dans des revues du Lancet ont obtenu des résultats plus rassurant auprès d’un groupe de patients hospitalisés, résultats à confirmer par d’autres études (lire l’article COVID-19 Le variant britannique n’entraînerait pas plus de formes graves).

«Selon les estimations, il serait de 40 à 80% plus transmissible et de 10 à 70% plus virulent – en termes de risque d’hospitalisation ou de décès – comparativement aux variants communs. Par contre, les vaccins et les traitements par anticorps seraient tout aussi efficaces contre ce variant que contre la souche initiale», précise l’INSPQ.

B 1.351 (501Y.V2) – « sud-africain » – Béta

Un autre variant du coronavirus, le variant 501.V2, a été détecté en Afrique du Sud. Le ministre de la santé, Zweli Mkhize, a annoncé vendredi 18 décembre 2020 que les chercheurs, après avoir séquencé des centaines d’échantillons depuis le début de l’épidémie, ont « remarqué qu’un variant particulier dominait les résultats ces deux derniers mois ». Ce variant est différent du britannique. Mais selon le laboratoire sud-africain Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (Krisp), il existe des similitudes, « car ils partagent tous les deux le même changement dans la protéine de spicule », la fameuse mutation N501Y.

Ce variant est lui aussi plus contagieux. « Il se propage plus rapidement », explique l’épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim. « Dans les deux provinces où il prédomine, il a fallu 40 à 50 % moins de temps pour arriver à 100 000 cas », développe le professeur, membre du comité de conseil du gouvernement sud-africain sur l’épidémie. à l’instar du variant britannique, rien ne prouve que le variant sud-africain cause des formes plus graves du Covid-19 (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

«Ce variant serait 50% plus transmissible que les variants communs et aurait causé une augmentation des décès en Afrique du Sud. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant sont toutefois limitées», précise l’INSPQ.

P1 – « brésilien » – Gamma

Une troisième mutation, originaire de l’Amazonie brésilienne, et dont le Japon a annoncé la découverte le 10 janvier 2021, est actuellement analysée et pourrait impacter la réponse immunitaire, selon l’OMS, qui évoque dans son bulletin hebdomadaire « un variant inquiétant » (lire l’article COVID-19 : les variants se répandent, le virus menace toujours plus). Le Japon ne sait pas encore si ce variant est plus contagieux ou plus dangereux que les autres qui circulent dans le monde. Ce variant va être isolé, pour être analysé « davantage », a expliqué un responsable au sein du ministère nippon de la Santé (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

Selon l’INSPQ en avril 2021, «Au Brésil (ville de Manaus), le variant P.1 serait de 80 à 150% plus transmissible et de 10 à 80% plus virulent (risque de décès) que les variants communs.»

B.1.617.2 – « indien » – Delta

Ce variant a été détecté dans l’ouest de l’Inde en octobre 2020. Il est qualifié de « double mutant » parce qu’il est notamment porteur de deux mutations préoccupantes au niveau de la protéine de pointe (« spike ») du virus Sars-CoV-2.

La première, E484Q, est proche de celle déjà observée sur les variants Sud-Africains et Brésilienne (E484K), soupçonnée d’entraîner une moindre efficacité de la vaccination et un risque accru de réinfection. La seconde, L452R, est également présente dans un variant repéré en Californie, et pourrait être capable d’entraîner une augmentation de la transmission.

Source : Variant indien: des inquiétudes et beaucoup d’inconnues

Le 18 août 2021, l’INSPQ indiquait que « Comparativement au variant alpha (B.1.1.7), le variant delta est plus transmissible et serait associé à un risque plus élevé d’hospitalisation, d’admission aux soins intensifs et de décès chez des individus majoritairement non vaccinés. De plus, les cas d’infections liées au variant delta sont associés à une plus courte période d’incubation, à des charges virales plus élevées et à une durée d’excrétion virale prolongée dans les voies respiratoires. Des données préliminaires suggèrent que les personnes vaccinées infectées par le variant delta sont contagieuses, mais pour une période plus courte par rapport aux personnes non vaccinées. L’efficacité des vaccins approuvés au Canada pour prévenir les infections symptomatiques liées au variant delta demeure élevée, mais semble diminuée par rapport au variant alpha, et ce particulièrement chez les personnes partiellement vaccinées (1 dose). Une haute efficacité vaccinale contre les hospitalisations liées au variant delta est toutefois maintenue. »

Le 15 septembre 2021, en conférence de presse, la Dre Mylène Drouin indiquait qu’alors que ce variant représente plus de 80% des cas, les personnes non vaccinées étaient 4 fois plus à risque de contamination et 30 fois plus à risque d’hospitalisations que les personnes adéquatement vaccinées.

Pour en savoir plus, lire le document de l’INSPQ : Revue de la littérature scientifique sur le variant delta : transmission, virulence et efficacité vaccinale.

Variants d’intérêt ou « à suivre » (VOI ou VUI)

VOI : variant of interest ou VUI : variant under investigation

Selon l’INSPQ, il s’agit de variants pour lesquels les données concernant leur génome ainsi que des études in vitro laissent présager un impact potentiel au niveau clinique ou épidémiologique mais il n’existe pas (encore) de données probantes sur un impact épidémiologique ou clinique observé dans la population. Un Variant d’intérêt est donc un variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel(s), qui est sous surveillance.

En date du 21 septembre, deux variants sont à l’étude afin de savoir s’ils devraient être classés comme préoccupants, en raison de leur contagiosité ou de leur virulence.

C.37 – Lambda

Le variant Lambda, découvert pour la première fois au Pérou en août 2020, s’est propagé dans différents pays d’Amérique du Sud et d’Europe, notamment.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) l’a classé mi-juin 2021 comme un variant d’intérêt, notant qu’il a entraîné des « taux élevés de transmission communautaire dans de multiples pays ».

Le C.37 renferme plusieurs mutations qui peuvent le rendre plus contagieux et résistant aux anticorps.

Source : Ce qu’on sait sur le variant Lambda

B.1.621 – Mu

Le variant B.1.621, mieux connu sous le nom de Mu, a d’abord été détecté en janvier 2021 en Colombie. Il a depuis poursuivi sa progression, allant jusqu’à représenter 39 % des nouvelles infections, ce qui en fait la souche prédominante dans ce pays d’Amérique latine. En septembre 2021, ce variant n’est toutefois présent que dans 39 pays.

Désigné comme « variant à suivre », « Le variant Mu a une constellation de mutations qui indiquent des propriétés potentielles d’évasion immunitaire », peut-on lire dans le bulletin épidémiologique du 30 août 2021 de l’OMS.

Des tests préliminaires indiquent en effet que ce variant pourrait être résistant aux vaccins ou aux anticorps développés par les patients qui ont déjà contracté une souche antérieure du virus. L’OMS prévient toutefois que ces observations « doivent être confirmées par d’autres études ».

Source : Deux nouveaux variants du coronavirus sous la loupe des chercheurs à travers le monde

Le 8 octobre, l’INSPQ a indiqué que ce variant était désormais considéré d’intérêt au Québec « en raison de la situation sanitaire internationale, de l’augmentation récente du nombre de cas de la lignée B.1.621 (mu) au Québec et de son classement comme variant d’intérêt par plusieurs organismes sanitaires dont l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) ». « Cette nouvelle classification en variant d’intérêt implique une surveillance au moyen du séquençage du génome entier (SGE) et d’analyses fonctionnelles, ainsi qu’un suivi attentif de la littérature scientifique. »