Retour sur «COVID-19 : des réponses à vos questions»

Variants : Quelques informations

Des variants plus contagieux du SRAS-CoV-2 ont été identifiés au cours des derniers mois. En date du 13 janvier, le nombre de pays et territoires où se trouve le variant repéré initialement en Grande-Bretagne s’élève à 50 et il est de 20 pour le variant identifié en Afrique du Sud, a annoncé l’OMS, qui juge cette évaluation fort probablement sous-estimée. Étudiés par les scientifiques, notamment par l’OMS depuis fin décembre, les résultats d’études préliminaires menées par les laboratoires producteurs des vaccins contre la COVID-19 semblent indiquer que leur efficacité n’est pas compromise par ces mutations.

Virus & variants

« Plus le Covid-19 se répand, plus il y a de chance qu’il évolue encore. A noter que la transmissibilité de certains variants du virus semble augmenter », a ainsi déclaré Tedros Adhanom Ghebreyesus, le directeur général de l’OMS.

L’apparition de variants n’est pas un nouveau phénomène, rappellent les spécialistes interrogés.

« On doit s’attendre à l’apparition rapide de nouveaux variants avec le temps, et dans notre monde globalisé, personne ne sera capable d’y échapper. Le variant D614G, par exemple, plus transmissible, était le variant dominant en Europe, et l’Afrique du Sud l’a attrapé », explique Salim Abdool Karim.

Pour combattre ces variants, les règles restent les mêmes, selon les professeurs Abdool Karim et Pawlotsky : application des gestes barrière, dépistage, traçage et isolation des cas.

« La différence, c’est qu’il faut préparer ses services de santé et mieux guider les vaccinations, suggère le professeur sud-africain. Les cas de ces variants vont arriver rapidement, et furieusement. »

Pour en savoir plus, lire l’intégralité de l’article  Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus.

Variants identifiés

Royaume-Uni

Appelé VUI-202012/01 (variant under investigation n° 1 du mois de décembre 2020), ce variant du SARS-CoV-2 présente au total 17 mutations de son génome par rapport au coronavirus qui avait été séquencé en janvier 2020 à Wuhan.

Parmi elles, deux sont surveillées de près en raison de leur emplacement stratégique sur la protéine de spicule : N501Y et P681H. Ces deux mutations ont été observées indépendamment l’une de l’autre depuis plusieurs mois, mais n’ont jamais été combinées avant la détection de ce variant.

On ne peut cependant pas vraiment parler de nouvelle souche, car le nombre de mutations reste faible par rapport à la taille du génome du virus (23 sur 29 903 nucléotides), et que le comportement et les caractéristiques du virus n’ont pas changé. Il est pour l’instant plus adapté de parler de « variant ».

Le consortium Covid-19 Genomics UK (COG-UK), qui s’occupe de la surveillance et du séquençage des mutations du SARS-CoV-2 au Royaume-Uni, a formellement nommé ce variant le 13 décembre à la suite d’une hausse des cas dans le sud-est de l’Angleterre.

Mais les premiers génomes porteurs des mutations spécifiques à ce lignage de virus (nommé B.1.1.7) ont été identifiés le 20 septembre dans le Kent et le 21 septembre dans le Grand Londres. Ce variant du virus est devenu dominant dans les cas détectés en quelques semaines. A Londres, ce variant était responsable de 28 % des infections début novembre et de 62 % au 9 décembre. À la mi-décembre, cette souche était responsable de 80% des nouvelles infections dans les régions de Londres, du sud-est et de l’est de l’Angleterre.

Selon le British Medical Journal, les premières analyses montrent que le nouveau variant « pourrait être associé » à la récente augmentation des cas dans le sud-est de l’Angleterre, mais les scientifiques ne vont pas jusqu’à établir une cause hors de tout doute, même s’ils observent « une croissance frappante » de ce variant à travers la population infectée (lire l’article Doit-on craindre le nouveau variant du coronavirus?).

Comme le rappelle un article récemment paru dans la revue médicale The Lancet, le variant détecté au Royaume-Uni peut être jusqu’à environ 70 % plus contagieux, selon plusieurs études préliminaires (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

Afrique du Sud

Un autre variant du coronavirus, le variant 501.V2, a été détecté en Afrique du Sud. Le ministre de la santé, Zweli Mkhize, a annoncé vendredi 18 décembre que les chercheurs, après avoir séquencé des centaines d’échantillons depuis le début de l’épidémie, ont « remarqué qu’un variant particulier dominait les résultats ces deux derniers mois ». Ce variant est différent du britannique. Mais selon le laboratoire sud-africain Kwazulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (Krisp), il existe des similitudes, « car ils partagent tous les deux le même changement dans la protéine de spicule », la fameuse mutation N501Y.

Ce variant est lui aussi plus contagieux. « Il se propage plus rapidement », explique l’épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim. « Dans les deux provinces où il prédomine, il a fallu 40 à 50 % moins de temps pour arriver à 100 000 cas », développe le professeur, membre du comité de conseil du gouvernement sud-africain sur l’épidémie. à l’instar du variant britannique, rien ne prouve que le variant sud-africain cause des formes plus graves du Covid-19 (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

Variants & Vaccins

Les mutations du gène codant la protéine de spicule concernent 9 nucléotides sur les 3 821 que contient le gène au total. Les vaccins produisent des anticorps dont l’action neutralisante est dirigée contre de nombreuses régions de la protéine de spicule. Même si on ne peut l’exclure, le risque d’inefficacité du vaccin est jugé très limité.

Pour en savoir plus sur les variants, lire l’intégralité de l’article Covid-19 : neuf questions sur le nouveau variant du SARS-CoV-2 observé au Royaume-Uni.

Nouveau variant

Une troisième mutation, originaire de l’Amazonie brésilienne, et dont le Japon a annoncé la découverte le 10 janvier, est actuellement analysée et pourrait impacter la réponse immunitaire, selon l’OMS, qui évoque dans son bulletin hebdomadaire « un variant inquiétant » (lire l’article COVID-19 : les variants se répandent, le virus menace toujours plus).

Pour l’instant, le Japon ne sait pas encore si ce variant est plus contagieux ou plus dangereux que les autres qui circulent dans le monde. Ce variant va être isolé, pour être analysé « davantage », a expliqué un responsable au sein du ministère nippon de la Santé (lire l’article Covid-19 : Royaume-Uni, Afrique du Sud, Japon… ce que l’on sait des nouveaux variants du coronavirus).

Suivi des variants au Canada

Un premier cas du variant du Royaume-Uni au Québec a été confirmé le 13 décembre.

L’administratrice en chef de la santé publique du Canada,la Dre Theresa Tam, a indiqué dans ces différents communiqués qu’une surveillance de ces variants était en cours avec les provinces, territoires et partenaires internationaux, dont l’OMS.

  • Plusieurs cas du nouveau variant de la COVID-19 détecté au Royaume-Uni ont maintenant été signalés en Ontario, en Colombie-Britannique, en Alberta et au Québec. On s’attend à ce que d’autres variants préoccupants soient détectés au Canada tout au long de la surveillance. Bien que les données préliminaires portent à croire que les variants du Royaume-Uni et de l’Afrique du Sud puissent être plus contagieux que le virus d’origine, à ce jour, il n’y a aucune preuve que cela ait une incidence sur la gravité de la maladie, la réponse anticorps ou l’efficacité des vaccins. – Dre Theresa Tam, 31 décembre
  • Il demeure toujours probable que les vaccins contre la COVID-19 actuellement autorisés au Canada seraient efficaces contre les nouvelles souches du virus, puisqu’ils ont été testés sur des souches multiples du virus, dont certaines très similaires à celle identifiée au Royaume-Uni. Pfizer et Moderna effectuent des études supplémentaires en matière d’efficacité de leur vaccin, précisément contre la souche détectée au Royaume-Uni. – Dre Theresa Tam, 11 janvier
  • En plus des tests réalisés dans les laboratoires du Canada visant à confirmer les infections par la COVID-19, le Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de la santé publique du Canada  effectue un séquençage génomique de routine sur environ 5 % des échantillons de virus. En date du 13 janvier, les provinces et les territoires ont signalé 22 cas du variant B.1.1.17 (Royaume-Uni) et 1 cas du variant 501Y.V2 (Afrique du Sud). – Dre Theresa Tam, 13 janvier